台灣海峽擁有世界上數一數二多的沉船，因其是海上的貿易樞紐，從元朝已有船隻往來，十七世紀荷蘭東印度公司航運貿易至二戰期間，由於天災、人禍，台灣海域到二戰期間的沉船非正式統計有五百多艘，並集中在澎湖周遭海域。沈船中的大量文物，具有非凡的考古價值，能成為貿易航線、開發史、經濟史的佐證。但由於過去官方未重視沉船保存導致盜寶和破壞，加上台灣洋流強勁、水下地形複雜、滿布暗礁、洋流多變視線差，導致維護、管理困難，且不易浮淺參觀、推廣。因此一間專門為沈船而造的的博物館是非常必要的，集中文物、資料，使遊客能看到更多樣的展品，文物也能集中維護，管理容易。